石亚军认为，长期以来，尤其在高度集中的计划经济体制下，国家的权力和社会的权力倾向于两个集中，一是向政府集中，二是在政府体系当中向高层政府乃至中央政府集中。而集中的结果，使得政府、社会和大学间的关系出现了偏差，并带来一系列问题：由于行政权力决定学术权力，大学缺乏微观运行的具体目标；由于宏观干预微观，导致大学运行中学术繁荣内生动力不足；由于管学代庖办学，导致大学事业发展的创新空间不够。

“要理顺政府与社会，尤其是在教育系统内部要理顺政府与高校之间的关系，很重要的一点是需要搞清政府和高校在管大学和办大学之间的权力定位和权力的边界。”石亚军表示，政府和高校之间的关系，总的来说是相辅相成的关系。而通过现有的行政审批制度的改革，以及中央和国务院前所未有的大力度下放行政审批权，解决过去政府在行政上决定学术过多、在宏观上干涉微观过多、在管学上代庖办学过多等问题，“当把这些问题解决了，政府和高校之间的关系就理顺了”。

石亚军表示，在我国政府职能转变过程中，仍存在三只拦路虎：一是部门利益，二是行政资源割据，三是平行等差。所谓行政资源割据，是指当不同部门共同管一件事情时，因每个部门掌握着各自的行政资源并行使权力，导致行政协调的成本很高，这就是行政资源割据。而平行等差是指，尽管从管理层级上看可能各部门是平等的，但是由于各种各样的原因，实际上形成了强势部门和弱势部门之分。

石亚军认为，当前的高校办学自主权落实仍存在三个结构性不平衡：第一，教育部下放高校办学自主权做得非常好，但是相对来说有一些部委就做得不够好，主要原因是行政资源割据和平行等差导致的。第二，地方院校的办学自主权仍受到较大制约。第三，高校办学自主权方面，中央政府落实得比较好，地方政府相对落实得不够好。

石亚军认为，进一步扩大高校的自主权要解决三个问题。首先，要厘清国务院各部门中与大学自主权有关的各部门之间的权力界限。其次，对于教育部直属重点大学，在每年研究生免推指标的审批、大学教授的数量等方面要进一步松绑。第三，对于地方院校的学科专业建设、队伍建设、职称评聘等方面上也应该进一步放权。

放权和监管如何同步？王广谦认为，一方面，政府在实行权力清单管理、坚持放权的过程中，一定要实行同步监管。另一方面，大学自身要不断地发展，“而促进大学自身发展是件很不容易的事，它会受多重制约，但是至少有一点是确定的，即要在办学过程中尊重教育规律、教学规律和人才成长规律，不能急于求成”。